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根据覆盖度及比对率如何剔除样品、gatk VariantFiltration过滤
数据分析具有探索性，没有绝对的最好的过滤参数，不同的项目数据特点和分析目的都会有不同的过滤参数； 这个需要自己去摸索，或者参考文献，设置合理的参数得到 质量和数量合适的SNP数量； 一般建议： 最低 4X，缺失率 0.7 ，深度低的样本建议可以去除； 其他种的样本建议放在一起CALL SNP，构建进化树；后续做GWAS...
回答于 2025-01-13 11:30
重测序
对的内存目前只用用了 15G； 任务不一定一直用这么多内存和CPU，是动态变化的，你要观察每个任务从开始到结束整个过程内存和CPU使用峰值才行； 盲目的加任务，当任务都达到峰值就会让系统崩溃；
回答于 2025-01-09 14:11
重测序
linux基础不好建议学习学习linux基础课：https://bdtcd.xetlk.com/s/17gwqZ 下面的这个代码你运行一下，打印每个样本的任务，到 gatk.sh for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do echo "gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ -O ${i...
回答于 2025-01-08 13:47
重测序
ParaFly 这个命令要求sh文件里面一行是一个任务，不必要的注释换行符变量等需要删掉； 建议吧命令用for循环结合echo打印出来，手动编辑命令的sh文件再批量运行： 可以学习学习Linux基础：https://www.omicsclass.com/article/1006 实在不会就所有的输入输出文件用绝对路径，手动编辑命令文件；
回答于 2025-01-08 10:44