要用我们组学大讲堂基因家族课程里面的paraAT才行,我们对ParaAt.pl脚本做了修改, 如果自己下载的Para AT请查看官方帮助:https://github.com/wonaya/ParaAT 基因家族课程:https://zzw.xet.tech/s/bGBQV
回答于 2023-02-16 16:45
没有蛋白序列做不了, 我看你有基因组和gff文件,可以通过这两个文件提取基因的cds序列再翻译成蛋白序列,就可以分析基因家族了;
回答于 2023-02-15 17:57
数据下载不完整吧,你重新下载一下试试的。 也可以用md5 值确认一下是否下载完整; 你把你下载的文件都计算一下md5,和百度云盘里面的md5sum.txt 文件里面的值核对一下,一样说明文件完整的,不一样说明文件损坏需要重新下载; 参考这里:https://developer.aliyun.com/article/248659
回答于 2023-02-14 23:33
所有的输入文件都检查一下,序列ID和bed里面的ID要一致才行; 你这个只贴了两个bed文件,序列文件没贴,不好帮你检查;
回答于 2023-02-14 14:58
作者回复:if families are changing too rapidly, it becomes hard to infer their most likely ancestral state, and therefore whether there have been gains or losses on a specific branch. But if you’d like to get a non-exact idea of what’s going on, you could try analyzing these families while setting l...
回答于 2023-02-11 09:43
基因家族 课程里面有讲的,你看看课程:https://study.omicsclass.com/index
回答于 2023-02-10 17:01