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GWAS分析中，Emmax对于SNP数量是否有要求？
这个GWAS关联分析SNP的数量，关联分析群体的基因组平均连锁距离有关，平均连锁距离越大需要的SNP序列越少； 这个可以用群体遗传进化分析中的LDdecay分析得到群体平均连锁距离。 并不是SNP数量越多越好，因为处在同一个连锁区段的SNP，选取其中一个SNP代表这个单倍型就行。
回答于 2023-01-31 23:30
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基因组课程结构注释：未提及Iso-seq全长转录组如何使用
三代的数据可以用pacbio的isoseq工具得到转录本序列，用cdhit去冗余之后的序列输入PASA就行； 如果觉得三代的质量好就设置这些ID到：FL_accs.txt 注意：gmap和blat，minimap的功能一样。我们的基因注释docker镜像中PASA用gmap比对可能得不到结果，所有没有设置，用minimap和lbat效果一样的 参考： https://github.c...
回答于 2023-01-30 12:16
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python3.9: error while loading shared libraries: libpython3....
export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/python/Python-v3.9.16/lib:$LD_LIBRARY_PATH
回答于 2023-01-29 10:09
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群体遗传学GWAS课程docker很多命令无法运行
检查你的输入文件：popid.txt 里面的样本ID和vcf文件里面的样本ID是不是一致，看看下面这句提示 sub Group Population szie is too small, SubGroup sample size: 0
回答于 2023-01-26 09:52