14 个问题

• 标题

  回答/浏览

  发布日期
• 你好，老师。同一个基因用视频流程获取的启动子序列2kp，是mRNA前面的2kp，不是CDS区前的2kb.现在提取的启动子都是CDS区前的2kb啊，mRNA与CDS区的注释长度不同，就导致我们获得启动子区域不正确

  1/2629

  2020-01-07 21:33
• 你好，我遇到了和你一样的问题，Circos could not find the configuration file，你解决了吗？谢谢 已解决

  2/2930

  2019-12-10 18:41
• 构建进化树时，有一个基因家族成员的domain序列太短，成列删除gap也不行，删除整条序列后才能构建进化树，但是这个基因的确是成员之一，有什么解决办法吗

  1/4907

  2019-12-04 15:58
• 一个基因的domain在不同的数据库网站上的注释长度不同，比如在CDD上1-30，在RGAP上1-31。我是否可以在在构建进化树时，同一使用CDD注释的长度。

  1/2782

  2019-12-04 15:55
• 老师，构建进化树时，个别家族成员保守域太长或太短，导致无法构建进化树，请问怎么解决？

  1/2887

  2019-12-03 16:32
• 发现一个基因通过domain_xulie.pl提取的位置与SMART鉴定时的domain、cdd的domain的位置不一样，有长有短，怎么办

  1/2280

  2019-11-27 12:29
• 老师，我发现同一物种在不同的网站下载的cds,pep,gff文件信息有些不同，比如有个转录本信息在NCBI下载的cds文件中就可以找到，在jgi下载的cds文件中就没有。这样鉴定的成员数目是不是就不对呢

  1/2211

  2019-11-12 17:06
• 老师，一个物种的某个基因家族基因鉴定完成，我还有必要再次鉴定其数目吗，还是说按着已发表文章家族成员，继续向下分析。

  1/2351

  2019-11-12 16:58
• 老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛选50个ID信息，而我想输出列表筛选显示更多的ID，将E值调大，怎么做

  1/2615

  2019-11-11 15:31
• 3 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

  1/2057

  2019-11-08 14:55