13 个问题

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• 老师您好，我用您线下课给的TCGA生存分析cox模型代码时，在外部验证时，外部验证的数据集整体表达水平偏高，会不会导致risk值整体偏高，那么cut_value怎么去确定呢？进而分为高低风险组呢？

  2/5801

  2020-05-17 22:03
• 老师您好，在GEPIA中，可以进行TCGA和GTEX的对比分析，因为我研究的瘤种中TCGA基本没有正常对照，我想问一下，怎么能将TCGA和GTEX联合分析，需要用什么表达值，如何处理批次效应？

  1/6606

  2020-04-23 21:21
• 老师您好，xena里下载的经过log（counts+1）的值可以直接用DESeq2包进行差异分析吗，还是需要再转换回去？

  1/5942

  2020-04-21 09:48
• 老师您好，差异甲基化分析中使用CHAMP包时，是如何确定case组和control组啊

  1/3565

  2020-04-18 16:45
• 老师您好，我想分析样本的甲基化数据，但是TCGA里的脑肿瘤只有肿瘤样本，我能从GEO中下载健康样本的甲基化450的数据，可以吗？

  2/3109

  2020-04-15 16:54
• uscs xena

  2/3730

  2020-04-10 20:39
• 关于PCA

  1/3294

  2020-03-23 17:01
• 老师，我的counts值的mRNA表达数据，用limma包之前，需要将表达矩征标准化嘛？

  1/5054

  2020-03-07 11:23
• 关于entrezid问题

  1/3062

  2020-03-02 16:16
• 我运行你在有道笔记中的GEO数据库分析遇到问题？

  1/2634

  2020-03-02 15:13