安生水
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擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq

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165 个回答

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运行meme时出错

meme软件安装的时候有问题,重新安装试一下吧。

回答于 2019-04-11 17:02

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老师,在做基因的顺势作用原件的过程中,最后形成两个配置文件,...

展示所有的顺势作用原件可能会比较多。最好挑选一些感兴趣的。运行如下命令可以挑选所有的顺势作用原件。 cat PlantCARE_9210__plantCARE/plantCARE_output_PlantCARE_9210.tab | awk -F"\t"  'BEGIN{OFS="\t"} {print $1,$4,$4+length($3),$2}'>feature.bed

回答于 2019-04-10 17:00

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老师,我用perl script/domain_xulie.pl去除冗余,最后生成文件...

看命名规律,你把蛋白ID里面的P统一搜索替换成T,这样就一致了;

回答于 2019-04-03 18:02

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请问老师,做基因组共线性的物种组装必须都是complete genome吗...

scaffold的也可以做,但是数量 一般都比较多,所以最后绘图的结果可能并不理想。

回答于 2019-04-03 17:58

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blast分析重复基因对

E 值越小,比对结果越可靠

回答于 2019-04-03 17:52

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老师,我想问一下,怎么将多个物种一起构建进化树。比如说构建向...

如果蛋白质序列差异太大,无法构建进化树,可提取domain序列来构建进化树。

回答于 2019-04-03 17:47

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老师好,我想请问一下在绘制基因家族 exon–intron structure 时...

注释文件没有exon ,  提取cds 分析也是一样的。

回答于 2019-04-03 17:40

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老师,我的gene-ID和mRNA-ID用mRNAid_to_geneid.pl提取不出来,...

网上找不到别的基因组了吗?最好不要用NCBI上的基因组分析

回答于 2019-04-03 17:37

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老师,您好,请问kaks_calculator只能一次性计算一对基因吗 能不...

kaks_calculator可以一次计算多对基因,其输入文件为axt格式,如下图所示。但是输入文件准备时需要一对一对的获取。

回答于 2019-04-03 17:23

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根据HSF基因的pfam模型在转录组结果中找到很多基因,这些基因都...

一个基因家族可能有多个基因,鉴定后符合要求的都是这个家族的基因

回答于 2019-04-03 17:09