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转录组数据分析（绘制KEGG通路）
kegg上关于水稻日本晴的有两个参考基因组，其中一个简写osa 对应的识别的是ncbi的geneID（纯数字） 另一个是dosa 可以识别你这个格式的基因编号，不过貌似这个dosa注释上的基因比较少，很多时候搜不出来结果，你可以简单的去kegg首页随便搜一个这个物种的基因看看是assign 还是no assign，所有即使输入了很多基因也可能没有...
回答于 2019-05-16 11:06
WGCNA如何进一步筛选基因
？绘图用的应该是edge文件，对应的应该是基于weight大小挑出来的,一般指的是前多少对关系吧，不是前多少基因，话说输出的时候一般是可以设定一对基因之间连通性大小，高于这个的就输出，如果还要求top多少才能输出，这个又要其他的设置了
回答于 2019-05-15 17:09
circos基因加倍分析最后一步报错
这只是一个绘图软件，不是加倍分析软件。。。。。 根据提示应该是核型文件 里面染色体相关的错误，第三列对应的是实际的染色体，第四列是标注染色体编号，而最后一列表示的是颜色，并没有你这个格式编码对应的颜色形式，你可以修改一下看是1部分染色体无法识别（三列四列）还是2部分（最后一列）颜色格式的问题。并且，注...
回答于 2019-05-14 09:22
WGCNA输出的cytoscape的文件出现格式错误
不太清楚你的问题出在了那里，我们自己在演示分析的时候并没有第一个那种表格，那个数据的内容明显看着就不对，列名对应的和下方的结果是不对应的，而且根据文件的表头显示，你的文件1和2应该是相同格式的，需要你自己确认代码运行过程中是不是哪一步出错了
回答于 2019-05-14 09:12
(WGCNA) 已有基因模块分析结果，如何将其继续转换成可以用于cyto...
没有基因两两间关系对应的表格转换不了网络图，必须知道某个模块种基因A 和基因B之间对应的关系，是否链接，weight值之类的
回答于 2019-05-13 11:46
我在做进化树的时候，在mega中找不到我做进化树的文件
参考：https://www.omicsclass.com/question/1268 自己导入提前比对的结果文件 如果不是这个问题，请详细描述问题，提供截图，简单的一句话很难理解你的意思。
回答于 2019-05-13 09:07
我在做进化树时，为撒在mega中找不到与之匹配的文件
做进化树 应该先导入序列文件进行多序列比对，将比对结果保存成对应文件，这些文件MEGA都能识别的，之后构建进化树就是要先导入这个比对结果文件。
回答于 2019-05-13 09:00
老师您好，我在做自己研究的物种(物种)中，做基因组内的串联重复...
如果确定几个输入文件真的真的没错，包括转换的gff和blast结果，文件名称能对应上，如果软件没分析出来任何大片段复制就真的可能是这样吧。 我遇到过没有串联重复的，大片段结果也没有的很少，还是先确认输入文件没问题吧
回答于 2019-05-10 11:54