Daitoue
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pfam

应该是你要的基因家族对应的可能包含多个保守结构域吧?这个你需要阅读文献,确定这类家族包含的结构域必须有哪些,鉴定的时候确保能在序列上同时检测到这些结构域(HMMsearch)

回答于 2019-04-28 10:23

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WGCNA分析如何将肿瘤TNM分期不同的变量转换成数值变量

关于性转数据转换,可以参考一下这篇文章哦:https://www.omicsclass.com/article/641 其癌症相关的分析可以关注一下:TCGA-基因差异表达分析、TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-加权基因共表达网络分析

回答于 2019-04-28 10:21

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ATAC-seq分析的peak注释使用ChipseekerR包报错

检查看看函数计算要求的输入数据和相关参数是不是符合要求吧

回答于 2019-04-26 14:11

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老师您好,最近在分析基因家族结构的时候遇到了问题。用视频中ge...

格式和内容没错的话,ID和进化树的ID是对应的么。。。。

回答于 2019-04-25 14:12

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老师麻烦您看看这是我在GEO数据库里找到的芯片数据,没有看懂样...

看不懂后缀就点开单独的GSM链接看每个样品的具体介绍。如下,明显的双通道芯片:

回答于 2019-04-23 10:20

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WGCNA power 选择

这个显示的数据是你的结果可能不太适合构建无尺度网络。至于参数的选择直接在R里面查询相关函数了解函数和参数定义再做决定

回答于 2019-04-21 08:29

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blastall比对出现问题

你可以参考一下是不是这个问题:https://www.omicsclass.com/question/1123 blast出现这个错误的可能 一个是碱基序列存在N,或者序列明显重复太多。鉴于你进行蛋白分析,看看是不是蛋白的序列里面存在类似情况,明显重复序列。

回答于 2019-04-20 12:37

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我的基因家族有些基因是反向的,在做MCScanX和circos时需要把顺...

画图定位位置可以不用掉,反正图片上不区分正反。

回答于 2019-04-17 14:31

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MCScanX中提取基因组注释文件时出错,我的物种的gff文件没有gene...

你把mRNA当你的基因使吧,看着像甘蓝还是白菜来着。。。

回答于 2019-04-17 14:30

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利用domain构建进化树,出现以下提示,请问是什么意思?如何解决...

序列差异大 bootstrap成功的次数太少了

回答于 2019-04-17 14:28