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MapChart
注意 基因必须按照在染色体的顺序排列，由小到大，你的基因没有排序 参考文章：https://www.omicsclass.com/article/397 注意阅读文中的注意事项
回答于 2019-03-05 10:09
请问一下用CoNet构建网络没有环境因子表格可以做吗？一般用MENA...
没太明白你的平行？你有参数设置这个嘛？一般出错格式上比较容易出问题的是最后一列世系关系，尝试删掉这一行并取消相关设置试一试
回答于 2019-03-01 17:17
WGCNA中运行代码不出图
pdf出图 参考：https://www.omicsclass.com/question/921 每次可以搜搜网站是不是有类似的问题
回答于 2019-03-01 17:09
在做WGCNA分析时，基因表达数据文件的基因的ID在最后一列，由于...
如果用的是read.table 参考一下https://www.omicsclass.com/article/98 注意设置row.names的参数 为特定的列，获得的矩阵将会行名是基因ID 下问代码：row.nams=A A值基因名的列数，你自己改成对应的数字吧。 fpkm = read.table("lx_otu_table.xlsx",header=T,row.names=A,comment.char = "",check.names=F)dim(fpk...
回答于 2019-03-01 13:13
老师，请问做Conet 构建的时候只有两个样本，但是有多个环境因子...
1、不行，我们不建议样本量这样少的情况下构建网络，OTU网络和其他共表达网络是类似的，要求样本量比较多 2、样本量多的情况设置的参数也需要配套，如果是十五个样本，而过滤参数设置不要超过样本数的限定范围等等。
回答于 2019-03-01 10:06
GEO网站提供数据标准化结果负值
这个是双通道芯片，不是单通道芯片，一个芯片对应的是两个样本，目前课程没有涉及双通道的差异分析内容，简单看看下面这个文章：判断GEO芯片数据是双通道还是单通道 https://www.omicsclass.com/article/687 目前这边还没有规范的差异分析方法
回答于 2019-02-25 14:58
关于wgcna模块内基因数目的问题
如果没有过滤 输出的node文本应该是完整的，不过，cytoscape用的应该是edge文本，这个往往会阈值过滤，具体的还是和代码相关
回答于 2019-02-25 14:08
请问为大神，这种情况该怎么处理？
也许是method和数据有冲突，可以尝试其他的校正method，基于你显示的数据，测试了几个其他的method可用，你可以多调用其他的：
回答于 2019-02-25 11:31