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老师，我的文本矩阵中已经全部是数值型数据了，没有NA的形式，在...
数据里面有没有全零的可能？全零的话做不了scale，譬如： > scale(c(0,0,0,0,0,0,0,0,0)) [,1] [1,] NaN [2,] NaN [3,] NaN [4,] NaN [5,] NaN [6,] NaN [7,] NaN [8,] NaN [9,] NaNattr(,"scaled:center")[1] 0attr(,"scaled:scale")[1] 0 调试结果：第327行转换数值向量后scale，取10个结果： > s...
回答于 2018-11-22 09:22
在做WGCNA分析时，已经找到最相关的模块，想要用其中的lncRNA和...
用WGCNA包里的corAndPvalue或者cor()计算，具体使用方法在Rstudio里面查询一下函数就可以了 还不明白就参考下面这个： > dim(datExpr0)[1] 24 2938> similarity=cor(datExpr0,method = "pearson") > dim(similarity)[1] 2938 2938 最终构成了一个大矩阵 参考链接：https://www.omicsclass.com/article/576...
回答于 2018-11-20 10:53
老师，我绘制热图时运行结果显示这样，这是什么问题呢，麻烦老师...
查看一下你的矩阵ORFs里面是不是存在字符型的元素，需要确保矩阵是完全数值型，一般是由于原数据中存在空（没有数据），或者字符，进行转换数值转换的时候就出现了NA这一类情况
回答于 2018-11-20 10:41
Mev使用过程中出现问题
提供一下数据附件，还有绘图的时候做的参数设置，包括聚类方法，数据转换等等的参数，或者自己先对数据进行scale处理，再导入数据画图也可以
回答于 2018-11-20 09:32
cytoscape绘制网络图
可以，相当于性状一样，不过数据量太大会然电脑卡爆的，可以试试删一些低丰度的OTU，或者不要用太低层级的OTU丰度矩阵，如果种的太多，就用属的，譬如这样~ 用MENA也行，在后续分析也存在类似关于环境因子的结合的操作 界面在：Analyze the networks 部分，点击进入，然后下方会由环境因子相关性计算之类的，之后按照页...
回答于 2018-11-14 09:38
老师，我在输出pdf格式热图的时候，有时导不出热图，并且plot处...
问题在这个： pdf没有顺利写完并关闭，出现这个问题先单独运行一下：dev.off()关掉前面的pdf，然后再运行完整的pdf()\pheatmap()\dev.off()者三行代码。
回答于 2018-11-13 09:30
在NCBI上，新发表物种的基因组数据如何寻找并下载gff等文件
完整拉丁文名，在NCBI对应的Genome下搜索一下，如果是很新的，有的时候不一定有，应该先找文章，找到文章中提及的相关数据上传数据库和相关登录号，之后再搜索数据下载数据
回答于 2018-11-12 15:54
visualBOX linux共享文件失败
1、设置共享文件夹 2、启动虚拟机，打开终端 3、建立一个目录用于挂在刚刚设定的共享文件夹 4、基于挂载命令进行共享文件夹挂载 参考： https://www.omicsclass.com/article/260
回答于 2018-11-12 10:16
在RStudio中安装WGCNA包后调用WGCNA包提示错误
卸了了重新安安，安装代码参考下链接里面的这个：https://www.omicsclass.com/question/379
回答于 2018-11-12 10:13