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Rstudio读不出文件中的数据
并没有报错，应该是文件格式有问题，omitted 30 rows指的应该是省略30行，不是没读出来，你在read.table函数里面试试调一下分隔符参数吧read.table(sep="\t“)之类的，从警告和结果来看，是文件格式的问题。 另 R语言读取文件名的时候，文件的命名最好不要出现空格，单词之间尽量连起来，用大小写或者下划线来区分
回答于 2018-10-15 09:33
Rstudio进行WGCNA分析时无法输出GS和MM值表格，无法输出cytoscap...
图片中指出的两个变量probes 和moduleColors有问题吧，你自己去查看一下，提示两个数据行不同，第一个数据明显的是个空的，你自己检查一些前面这个变量包含的数据具体情况。
回答于 2018-10-15 09:16
老师好，我有个基因和小RNA的互作图要整理，其中要在图上格外标...
网络图中的点线设置过程可以参考文章： Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类 https://www.omicsclass.com/article/479 而具体的通路文字标签 可以通过图片后期添加
回答于 2018-10-12 11:35
请问老师，perl中用if条件语句时，如果有两个条件需要满足，该怎...
&& 表示and 譬如 if($a>$b && $c<$d)
回答于 2018-10-11 17:04
在Rstudio中进行样品聚类，在plots中图片显示不出来
注意演示代码和实际操作代码的区别，课程中明确提示过为了方便进行图片结果保存成pdf文件，在代码中加入了: pdf() dev.off() 如下： 而在课程中为了方便展示利用的是如下内容sizeGrWindow()(并注释了文件保存代码）： sizeGrWindow() #pdf() #dev.off() 你需要仔细听课~并加深对R语言的理解~~~
回答于 2018-10-10 18:32
老师，数据是从TCGA数据库下载的，LncRNA和mRNA数据的表达量都有...
1、你应该接着上一个问题 https://www.omicsclass.com/question/380，直接回复，不然我都没看明白 2、课程演示的性状数据是基于实验处理方法整理而来的，如果属于A类处理，就把性状叫A，那个样品是这类处理就属于1，不属于就是0，B 类处理也是类似，同时还可以整合AB 类处理，只要属于其中一个就算1，都不属于则是0，这种...
回答于 2018-10-10 15:38
做WGCNA分析时，课件给的trait_D.txt文件是自己做的还是都可以用...
1、演示过程的数据是匹配的数据，其表达数据和性状实际是基于同一个实验统计和整理的，所以分析过程是基于实际分析的表达数据整理得到的，针对具体的实验数据，性状不一样的，需要你基于自己的数据去整理，或者基于实验去测量。（并不是我的数据可以用在你的分析---而是你的数据用于你的分析） 2、lncRNA和mRNA差异表达的...
回答于 2018-10-10 13:05
老师，请问一下我在进行WGCNA分析时，将原始数据的基因顺序打乱...
1、需要描述一下你的数据~~原数据、重排数据（具体怎么排的） 2、所谓关键基因是指你的hub gene? 基于什么代码获得？还是你自己选的，具体的分析过程中的相关数据是否出现变化（关于分析的每一个过程相关数据的设置、并且分析结果中关与该基因的相关信息是否出现大的偏差） 3、比较两次分析获得的hub 具体数据上的差异，...
回答于 2018-10-10 10:24
在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> inst...
相关的包也需要安装，它提示你还少了GO.db（当然如果还有其他包没有安装的时候，可能也会提示其他的错误）建议你把相关包依次安装上，或者直接运行下方的命令安装相关包，之后再安装WGCNA （参考主页：https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/index.html） 相关包的安装： install...
回答于 2018-10-10 10:15
利用MeV绘制基因热图时出现问题
应该是文件后面有空行 譬如文件尾行是空的，例如下图中的数据，导致加载的数据出现空行，默认的load界面会无法识别有效数据区域，也就是出现那种黄背景的结果。 你把最后的空行删干净，确保文件中最后一行是数据行或者在load界面选定数据区域进行加载 1、数据界面--多出空行 2、导致数据load出现空值 3、可删除数据...
回答于 2018-10-08 14:02