因为无参转录组CDS序列是预测出来的,出现一个unigene对应多个CDS是正常的,假如后续应用如克隆的话,选择最长的那一条就可以了。
回答于 2018-12-06 22:51
基因家族分析类文献内容结构很多都很类似,有人说他灌水,但是我想说这是人们对他的误解吧,解析基因组基因功能,基因家族分析是不可缺少的,其实这类文章就是介绍本物种内的基因家族内基因的特点,包括数量、位置、进化关系、功能域、基因结构等,这些都是描述基因的基本信息,是不可或缺的,是很有价值的信息,当然基因家...
回答于 2018-12-02 14:51
假如用笔记本电脑做基因家族分析,需要在电脑上装上linux虚拟机,一般内存在4G以上,c盘至少有30G内存,做基因家族分析是没太大问题的。
回答于 2018-12-02 14:45
目前用的最多的二代测序平台是illumina的 xten和nova,目前二代测序中 pe150小片段库基本都是这两种仪器测得,像之前2000,2500等已不再用,两者测序质量差不多!
回答于 2018-11-25 23:48
一般对差异基因做QPCR验证目的是证明转录组数据的准确定,但道理来说,挑选没什么特殊要求,当然选择差异倍数高的更容易表达模式相同,具有更高的一致性,但是我读文献发现,一般作者都为了能写更多内容,一般选择与本实验性状有关的差异基因去验证,尤其是文献报道过的基因,这样也方便讨论结果,希望我的回答能帮到你!
回答于 2018-11-25 23:44
1. 根据文献报道所关注性状相关基因有哪些,然后再通过基因名、关键词在自己的差异基因列表中搜索这些基因,查看这些基因表达模式变化; 2. 根据所关注基因所具有的的某些特征,如抗病基因,多具有保守结构域,可根据此序列特征搜索查看; 3. 根据基因注释富集结果,富集程度高的优先关注 4. 差异表达较高的优先关注...
回答于 2018-11-09 19:03
lncRNA是一类长度>200bp的RNA,由RNA聚合酶Ⅱ转录,具有保守的二级结构,大部分不编码蛋白质。LncRNA发挥功能的方式很广,可以与蛋白、DNA和RNA相互作用,参与多种生物学过程的调控。主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录后翻译、发挥ceRNA、增强子RNA作用等,从而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用
回答于 2018-11-02 15:57
所测材料与参考基因组品系为相同生态型,此时是可以只测2个子代池的,以参考基因组为一致性序列计算SNP-index。假如,所测材料与参考基因组存在较大的差异,就会导致出现大量假阳性SNP。所以,还是推荐测双亲和2个子代池,尽可能排除背景噪声,减少假阳性SNP。 如果研究的性状是数量性状,最好测2个亲本及2个子代池,其...
回答于 2018-11-02 15:42