高通量测序中每测一个碱基都会给出一个对应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%。行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比,如转录组中测了10G的数据量,其中有9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%,同理有9G的碱基质量值大于或等于30,那么Q30则为90%.
回答于 2020-12-18 12:40
这个问题其实困扰很多人,都以为测序就是直接把自己样品中基因全长序列都测出来,然后再去和参考基因组去比对,但是实际上不是这样的,重测序结果主要是您样品相对于参考基因组序列有哪些变异信息,鉴定变异信息考的测序产生的短的reads,是不能直接拿到你的样品中的基因的完整序列的,假如你要提取某些基因序列的话,只能...
回答于 2020-12-05 21:05
https://solgenomics.net/organism/Capsicum_annuum/genome 这个是收录茄科作物基因组网站,你可以看看,有辣椒的。
回答于 2020-12-05 20:58
启动子序列位于基因转录组起始位置前2kbp范围内,所以转录组数据中unigene中没有启动子序列信息,必须有DNA序列才可以,参考近缘物种基因组信息吧。
回答于 2020-10-29 22:16
好说好说,生信学习不是一朝一夕之功,需要长期坚持,希望你是个不愿放弃的人,加油!至于学习过程,我建议你先安装docker虚拟机,这是学习生信第一步学习链接:https://ke.qq.com/course/2202806?from=800004099#term_id=102570645;之后可以学习下:linnux基础课:linux系统入门,开启你的生信之旅吧!
回答于 2020-05-09 10:40
插入片段在跑胶选择出来时,其长度存在不可避免的误差,会有波动,甚至有时波动还不小,但它不能反映测序质量(这里排除meta-pair的情况)。因为测序质量并不直接受插入片段长度所影响,而是受试剂、测序芯片、光学相机、机器运行情况、实验室环境(地震、曝晒)等更加复杂的系统和外部因素所决定的。
回答于 2020-03-04 16:20
解答该问题需要从高通量测序文库的构建说起:步骤一般如下: 利用超声或者酶切技术把从细胞中提取出来的DNA/RNA 进行打断,然后末端修复,RNA 需要反转成cDNA;电场跑胶,专业术语是凝胶电泳——DNA分子在电场里“游泳”,由于不同长度的DNA分子片段所带电量(负电荷)不同,在电场作用下,短的就跑得快长的就慢,一段时间之后不...
回答于 2020-03-04 16:18
可以打开,不过人家设计这个软件的人更新了版本,如果联网的话就不能用了。所以你不想更新的话,就先断网,然后再打开。
回答于 2019-12-03 23:11