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转录组中count值为什么要经过标准化，计算FPKM值来表示表达量？
基因长度长或者测序数据量多的基因所得到的count值会越大，但这并不能反映该基因的表达高，而RPKM法能消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响，计算得到的基因表达量可直接用于比较不同样品间的基因表达差异和不同基因间表达高低的比较。
回答于 2019-10-22 19:08
请问学习过有参转录组学的报告与解读，现在又做了无参分析，有必...
您好，有参转录组结果解读课程和无参转录组结果解读课程很大一部分内容是相似的，如差异分析，注释富集，蛋白互作都是一样的，主要差别在于无参转录组本组装部分，主要是区分好unigene、 cds、orf等概念就没啥问题了。
回答于 2019-09-20 11:05
我做有参转录组数据分析，一共有30个样，每个样有3个重复。在做...
比对率低一般是由于污染、样品测序质量、样品与参考基因组亲缘关系等原因， 你这个样品应该是有问题的，最好先找出问题，然后再考虑是否剔除。
回答于 2019-09-20 10:59
老师，如何知道一个基因有没有前人研究过
我觉得问题应该是如何知道在您所研究的物种中有没有人研究过这个基因，既然您知道这个基因，应该是见过其他人报道过该基因，多数是这种情况，当然您也可能扩出了一条未知序列，明确了其具有功能，这就列害了，第一种情况下，您可以在NCBI上检索下看是否有人提交过您所研究物种的该基因序列或论文是否有报道，假如没有，应该...
回答于 2019-09-02 20:59
组内某个生物学重复样品与其它相关性不太好怎么办？对文章发表有...
样品间的相关性反应了样品间的相似情况，即不同样品在表达水平的相似度。相关系数越接近1，样品间的相似度越高，样品间的差异基因越少。生物学重复内样品的相关系数大于生物学重复外样品的相关系数。 转录组测序通常要求设置3个生物学重复样本，如果出现某个样品与组内其它样本相关性不好的情况，可将该样本剔除，再进行差...
回答于 2019-08-29 23:26
可变剪接事件在三代测序中未检测到，而在二代测序中检测到了的原...
这是可能发生的，三代测序的数据量并没有达到饱和，可能会漏测或者对于低丰度的基因不能检测到，二代数据由于数据量达到饱和，因此能检测到更多转录本的信息和相对低丰度的基因。
回答于 2019-08-29 23:23
全长转录组为什么要构建混合文库？
2017年2月PacBio试剂升级，加深零模波导孔深度，片段偏好性逐渐降低，提高大片段测序检出率，构建不筛选片段+大于4Kb片段的混合文库可以改善长转录本较多的物种，增加测序到长转录本的概率，数据量产出高且稳定。
回答于 2019-08-09 16:10
全长转录组是否需要打断，拼接？
全长转录组是基于PacBio三代测序平台，无需打断拼接，直接获得包含5’，3’UTR，poly A tail的完整转录本，从而准确分析有参考基因组物种可变剪切及融合基因等结构信息，克服无参考基因组物种转录本拼接较短、信息不完整的难题。
回答于 2019-08-09 16:09