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请问一下，当用时期作为表型数据时，文件该是什么格式？行和列各...
WGCNA的表型数据， 1. 如果是数量型的，那个比较好说，输入表的值即可 2. 如果是“分类”型的，那就需要进行分类编码: 一种类型的样品，标识为1，其他的标识为0 。如下表示例： Type1 Type2 Type3 Sample1-1 1 0 0 Sample1-2 1 0 0 Sample1-3 1 0 0 Sample2-1 0 1 0 Sample2-2 0...
回答于 2018-09-13 16:21
WGCNA分析中，取材是，有5个植物发育时间点，两个品质高低不同的...
1. 生物学重复不太好的话，可以将该样本剔除。其实WGCNA的分析过程中也有异常样本的检测和剔除 2. 时间点可以做为表型。这样可以关联与时期相关的基因模块。
回答于 2018-09-12 18:40
WGCNA分析，官网给出的代码中两次计算了dissTOM，两次代码不一样...
稍微有点差别，影响不是很大1. 你也可以直接采用前面的结果，不用重新计算。 2. 需要说明的是，如果采用重新计算的话，power 值需要改成 前面优化的power值 ，而不是默认的6 .
回答于 2018-09-12 11:06
miR-132/212/212-3p 这种表示 是什么意思？
这种表示方法代表的意思是 3个miRNA 序列（miR-132, miR-212, miR-212-3p）具有共同的seed区域（2-8），他们可能具有共同的靶基因。 补充一点：miR-212， 这种表示方式，默认是代表miR-212-5p 。
回答于 2018-09-12 11:03
请教各位老师
从您的描述来看，你是做了3个样本的转录组测序，采用的测序策略是双端测序（Pair End）。 所谓的双端测序，就是一个插入片段，分别从两头测。所以： 1. 两头测序的read1, read2 数量一样。 2. 由于read1, read2 的测序长度一致，所以应该数据量也是一样的 再回到你的3个问题，1. 样品的总reads: read1 + read2 2. ...
回答于 2018-09-12 10:54
无参三代转录组怎么定位到二代转录组中的同一个基因？？
1. 可以将二代组装的转录本和三代数据组装的转录本进行blast 比对，计算一个相似百分比，划一个标准，比如98% 相似性。 找到相互对应的转录本。2. 一般三代数据用于构建转录本，二代数据用于定量。也可以将两者合并成一套转录本。
回答于 2018-09-06 22:46
WGCNA分析中，R语言对邻接矩阵得到β值作图，图中的数字堆到一起...
1. 这两幅图，其实有对应的数据，可以将数据提取出来，用ggplot2 单独去绘制，而不用其原生的绘图函数。
回答于 2018-09-06 22:25
三代全长转录组，转录本去冗余问题？
1. 一般三代测序的数据，采用官方的isoseq 流程分析就可以了。该流程能将转录本进行一定的聚类和去冗余。 2. 当然，如果要对聚类出来的高质量转录本进行基因家族聚类（可以理解为多个转录本，来自同一个基因， 3. 如果是无参物种的话，可以采用Cogent 软件进行转录本的聚类。 4. 如果是基因组还不完整的物种，可以先将...
回答于 2018-09-06 22:20