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TCGA COX分析中关于training以及testing 的分组 为什么要这么分...
1. 数据分组：数据分成training 和 testing ，training 用于训练，testing 用于测试，验证分类效果2. 分组的意义：是为了防止算法“过拟合”， 也就是在你的实验数据上拟合的非常的好，但是在其他的数据上就不行
回答于 2018-07-29 17:28
Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失
安装AnnotationDbi 这个有点问题，你可以单独安装试一下，可以参考这个包的安装说明。
回答于 2018-07-27 10:19
原始数据标准化以后做的DEG跟原始数据直接做的DEG不一样，做标准...
数据标准化的意义主要有以下几点： 1. 更加真实的反应表达的状态：降低外部因素的影响，比如测序量 2. 让实验具有重复性：标准化处理，使得多次分析的数据都有统一基准 反过来想，以qPCR为例，为什么qPCR 一般要做三次重复呢？ 做一次也肯定有结果的。
回答于 2018-07-26 09:24
Hisat2 比对准确比对到一次的比率过低是哪里出了问题？
整体的比对效率还是挺高的，达到了94.06 %，但多比对的比例比较高，占了26.78% 。 原因可能有： 1. 基因组为多倍体，一条序列能比对到多个染色体位置 2. 同源，重复序列较多 3. 高表达的基因存在多个位置
回答于 2018-07-24 10:48
tcga生存分析
1. 为了防止数据中出现NA， 可以采用log2(count +1) 。 2. 数据中不能存在NA 您可以学习一下我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》
回答于 2018-07-24 09:48
GEO下载lncrna芯片注释问题
我看了一下这个芯片的，由于是定制化的，注释不详细，但是有GeneBank 的登录号 GB_ACC ，这个你需要想办法转换一下。
回答于 2018-07-24 09:40
TSS转录起始位点确定。
TSS(转录起始位点)：一个基因有不同的转录本，可能有多个转录起始位点，这些位点都是通过实验确定了转录本的转录起始而获得的。 1. 获取单个基因TSS，可以采用5‘RACE， 确定转录本的起始位置 2. 获取批量基因TSS，可以采用转录组测序，
回答于 2018-07-18 16:46