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可不可以用转录组重测序的原始数据来分析其中microRNA等ncRNA的...
不可以。 虽然microRNA 的转录也会有ployA这样的结构，理论上通过转录组测序，能检测到miRNA前提的转录本，但是： 1. 常规转录组建库，筛选的片段都在大于200bp, 很多miRNA的前天就被筛掉了 2. miRNA的前体会进行加工剪切为成熟的micoRNA。 成熟的microRNA才是起功能作用的分子。
回答于 2018-07-11 13:21
TCGA临床数据下载报错 “start tag expected ,'<' not found [4]...
这个的原因是，临床信息非常的复杂，有不同格式的文件，而我们需要下载的patient对应的格式只有XML格式，所以需要在GDCquery 时指定file.type="xml" 即可。 project <- "TCGA-COAD" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical Supplement" file_type = "xml" legacy <- FALSE query <- GDCquery...
回答于 2018-07-11 10:39
TCGA的下载
问题分析： 出现这种情况，一般可能是由于工作目录下的manifest 文件（记录下载那些数据需要下载）中的ID 不对。 解决方案： 1. 建议将目录中下载相关的文件和文件夹都删除，重新下载数据 2. 或者换一个新的工作目录去下载数据
回答于 2018-07-10 17:02
lncRNA预测的软件有那些？
lncRNA(long noncoding RNA): 长链非编码RNA主要的一点，就是无法编码一个完整的蛋白质，基于这个特点，有很多方法可以对蛋白编码潜能进行预测，比如序列相似性，密码子的分布情况等特征，再结合一些机器学习的算法，基于这些特征进行预测。1. CPC 2. CPAT 3. CNCI 4.phyloCSF
回答于 2018-07-10 12:42
TCGA数据中如何区分样本是癌症还是癌旁？
这个需要了解一下TCGA的样品编码方式（barcode）: 其中sample 指示的位置，标记了不同的样品类型，具体如下表所示： 01 Primary Solid Tumor TP(实体瘤）02 Recurrent Solid Tumor TR03Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood TB （血液相关癌）04Recurrent Blood Derived Cancer - B...
回答于 2018-07-10 10:46
TCGA基因表达文件中样本名称和临床资料中的样本名称不一样，如何...
这个需要了解一下TCGA的样品barcode编码方式：如果是临床信息的话，记录的是每一个病例的临床信息，也就是说，其barcode长度为前12位。 如果是基因表达文件的话，记录的是每一个病例的不同组织样品的基因表达情况，其barcode为15位。 所以只需要将基因表达文件中的barcode 提取前12位，就可以得到病例的编号。
回答于 2018-07-10 10:35
安装StringTie最后执行./stringtie出现Error: no input file pro...
stingtie -h 可以查看使用帮助 root@c5809ddb4597: stringtie -h StringTie v1.3.0 usage: stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>] [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso...
回答于 2018-07-10 09:47
什么是转录因子，转录因子有那些特征？
转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一个能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特性基因对RNA聚合酶的招募,调控着基因的表达。转录因子特点是它包含一个或多个DNA结合域（DNA-binding domain， DBDs），通过这些结合域与基因附近的DNA序列结合，从而完成调控 可以参考我的文章《什么是...
回答于 2018-07-04 13:39