microRNA 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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转录组WGCNA分析中，要做模块与性状相关性图，怎么定义性状？

6个发育时期，那就定义成6个不同的性状。需要采用one-hot编码。请参考文章

回答于 2019-03-04 11:53

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接头序列的文件内容应该是如下格式： >primer_5p AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGGG >primer_3p GTACTCTGCGTTGATACCACTGCTT

回答于 2019-03-04 11:45

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R中的变量不能以数字开头，请将你的基因名称重命名一下。

回答于 2019-03-04 11:40

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概念是不是搞错了，是支原体吧？

回答于 2019-03-01 16:59

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2个样本 3个重复，做不了WGCNA分析。

回答于 2019-02-28 09:43

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从您的需求来看，你需要做两件事情： 1. 下载测序数据，进行表达定量分析，这个可以学习一下《RNAseq有参转录组数据自主分析》这个课程 2. 对表达定量的结果进行可视化展示，也就是绘制热图，你目前学习的《转录组标准分析后的数据挖掘》中就有热图的绘制方法

回答于 2019-02-23 21:26

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一般是校正序列，对质量值就不关注了。

回答于 2019-02-21 09:11

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用过这个软件，从你提供仅有的报错信息，我也看不出来是哪地方的问题。建议你看看文档或者提供更详细的信息。

回答于 2019-02-21 09:10

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可以试一试在线工具 KOBAS 进行注释。

回答于 2019-02-13 09:35

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1. 主要看你研究的性状，比如你研究的是癌症分期，预后等性状，那么肯定用癌症组织的。 2. 不建议采用差异表达的基因，请参考 "WGCNA分析要求"

回答于 2019-02-13 09:26