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TCGA数据做完cox分析，验证完后，还可以接着做什么后续分析？
做完生存分析之后，可以获得一个由多个分子构成的预后预测模型。可以针对这些分子做更深入的功能分析，主要包括如下几个方面： 1. 被谁调控： 一般会去研究调控这些基因表达的转录因子（TF），miRNA，甲基化修饰等，可以参考课程《TCGA-转录因子调控》 和 《TCGA-ceRNA调控网络分析》 2. 与谁表达模型相近： 这个可以做一...
回答于 2019-01-30 09:49
TCGA数据
TCGA中转录组数据的表达量有4种类型，分别是采用4种计算方法得到的. 每一种计算法方法的说明，可以参考TCGA 转录组的分析流程说明 ： https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/
回答于 2019-01-29 16:51
请问利用转录组数据做基因家族基因的表达量分析时，能否跳过去接...
1. 你这个错误很明显，就是路径写错了，没有summary这个文件路径 2. 建议你先学学linux 基础，了解一下Linux 命令 3. 建议您在运行每一条命令之前，先看看这个命令的每个参数是什么意思
回答于 2019-01-17 10:14
老师，你们好 请问怎么知道一个植物的基因组是否测序？比如芦苇...
1. 首先确定一下你这物种的英文学名，比如芦苇是Phragmites communis 2. 去NCBI的物种数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/ 上搜索你这物种的名称 3. 进入物种对应的页面，看“Genome” 部分显示有多少个相关的基因组，如果为0 的话就是没有了。如下图红色标记区：4. 如果基因组部分显示有基因组，点击进去，看是否...
回答于 2019-01-11 17:48
TCGA数据库下载基因表达数据TXT文件
这txt 文件是在后面保存结果才产生的，不是下载数据的时候产生的。 你看看文件的名称，是不是下面这行代码产生这个文件的： expr_file <- paste0(DataDirectory, "_","All_HTSeq_Counts",".txt") write.table(data_expr, file = expr_file, sep="\t", row.names =T, quote = F)
回答于 2019-01-10 11:41
TCGA数据中primary site数据下载
你可以下将所有的数据下载下来，之后筛选primary site 对应的样本。 如何筛选primary site 对应的样本，请参考 https://www.omicsclass.com/article/672
回答于 2019-01-10 09:23