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TCGA中miRNA可以区分5P和3P么？
可以，如果需要下载miRNA 5P 或3P， 可以将data_type设置为 "Isoform Expression Quantification" data_type <- "Isoform Expression Quantification"
回答于 2019-01-04 14:31
怎么下载ICGC数据库里，某个基因的所有的突变数据
在网站上直接搜索基因的名称，跳转到突变信息那个页面即可， 以TP53为例：https://dcc.icgc.org/genes/ENSG00000183632/mutations
回答于 2019-01-03 13:53
如何提取biotype_classs.txt
你看一下这个文件的格式，其实就是将http://asia.ensembl.org/Help/Faq?id=468 中基因和lncRNA 的分类信息进行了整理
回答于 2019-01-03 13:49
gtf_extra_biotype.pl biotype_classs.txt 的代码
这个在课程《TCGA-基因差异表达分析》的参考资料中提供了这个代码和文件，请自己下载.
回答于 2019-01-03 13:36
在转录因子富集分析课程中，Q-value 是0，该怎样理解呢?
1. 这个说明该转录因子非常的显著 2. Q-value 为0 ，主要的原因是q-value值非常小，超出计算机的最小精度。
回答于 2019-01-02 13:13
TCGA数据下载的时侯要有biotype_classs.txt
这个文件是从ensemble 上的基因注释文件中提取的。请参考：http://asia.ensembl.org/Help/Faq?id=468
回答于 2019-01-02 13:08
在转录因子富集分析时，需要输入文件：Gene_cors.txt，请问这个...
这个文件里保存的是基因的相关性，可以采用课程《TCGA-转录因子调控》参考资料中的‘gene_edgeR.r’脚本进行计算。
回答于 2018-12-25 18:15
WGCNA分析基因的筛选
1. 基因比较多，可以过滤掉低表达的基因。 2. 不要用差异表达的基因： https://www.omicsclass.com/article/649 3. 采用24个样本，WGCNA 需要的是样本越多越好。分析时间跟样本量多少关系不大，跟基因数量比较大。 4. 基于不同的项目，可能还需要灵活的处理一下，推荐您学习我们的WGCNA课程：《WGCNA-加权基因共表达网...
回答于 2018-12-25 09:52
转录组分析时 jaspar_2018_human.txt 文件是怎样下载的
1. 首先将jaspar 数据库下载下来，下载其中SQL文件： 2. 该数据库中的数据格式如下： 3. 基于物种的名称，查询数据库，提取物种对应的转录因子列表
回答于 2018-12-25 09:46