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如何查找某一种功能基因，比如所有的热激蛋白基因，并确定基因数...
1. NR 那一列的ID都一样，说明你的那些基因的序列都跟该基因序列相似 2. 序列相似，不一定来自同一个基因，一个物种中存在很多同源基因。看你的基因的id，好像是无参组装的结果，你可以去掉低表达的转录本, 再将这些转录本按照一定的相似度进行聚类，聚成一类，算是一个基因。
回答于 2018-11-23 13:01
barcode和引物的fa文件
barcode 是特定的，测序建库时用什么barcode， 分析时就得用什么barcode。 1. 如果你对数据是测序公司提供的，他们应该会提供barcode序列给你。 2. 当然你也可以通过samtools 打开测序的文件（bam格式），比较一下序列，发现TTTTTTTTTTTTTTT附近多次出现的序列就是barcode 。
回答于 2018-11-23 09:25
为什么基因表达量进行标准化之后会有负值
转录组数据，中基因的表达量有多种表现形式，比如count数， FPKM等。 如果对FPKM值进行log 转换之后，那些表达量小于1的基因，其表达量的表示值就是小于0的。
回答于 2018-11-16 13:49
不同胁迫处理以及不同类型的RNAseq数据denovo组装
1. 从你的描述来看，你研究的应该是“无参考基因组”的物种，需要将测序数据组装成Unigene 。 2. 无参考物种的组装，一般采用Trinity 软件. 3. 如果数据比较多，建议选择数据格式比较统一的数据，双端优先于单端， 长读长优先于短读长 。 4. 尽量保证样本的多样性，比如将各种处理条件的数据放在一起， 但是也要考虑组装的...
回答于 2018-11-13 13:10
WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？
性状数据分两种： 1. 数量数据：如基因的表达量，这个就采用基因的表达量即可，不需要改变 2. 类别数据： 这个数据需要转换成0，1 编码
回答于 2018-11-04 10:42
TCGA生存分析课程risk socore问题
首先我们来看一下Cox 回归模型： 公式(1)可以转化为： 你所采用的Risk Score 是等式的右边，而我课程中使用的是RR， 两者应该是一个对数关系。
回答于 2018-11-01 17:48
你好，我想从tcga数据库挖掘mzf1基因在不同肿瘤中表达的具体是哪...
1. 剪切异构体，这个在TCGA的数据中是没有提供的。有可能其他的数据库 2. 基因的甲基化状态可以将TCGA的甲基化数据下载下来进行分析
回答于 2018-10-28 11:21
老师您好，我想分析植物miRNA的启动子，不知道怎么下手。
1. 如果需要分析启动子序列，需要采用参考基因组，请采用核桃的基因组，提取启动子序列。 2. 以预测的miRNA的成熟体序列在参考基因组上找到对应的区域，如果找到的位置比较多，需要结合miRNA的前体序列，找到准确位置。
回答于 2018-10-28 11:08