231 个回答
三代全长转录组pacbio平台和nanopore平台的却别？
1、pacbio平台在RNA测序方面更加成熟稳定 2、pacbio平台的测序准确率比nanopore高一些 3、pacbio平台的测序成本也会高出不少
回答于 2019-04-26 17:57
提取好的RNA一般能保存多久
不同材料提取的RNA保存时间长短不一，具体和材料的处理情况、材料本身的情况有关。当然，保存条件也要尽量控制在-80，甚至可以液氮保存组织材料，用的时候再提取。
回答于 2019-04-26 17:53
三代全长转录组推荐测多少数据？
三代只定性不定量，由于现在pacbio测序都是一个全片段文库，所以一般来说，测10-15G数据就足够了，没有必要多测。除非你可以多建几个大小不同的文库，每个文库测不同的部位/组织等，这样可以加大测序量，但是相应的成本增加好多。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单...
回答于 2019-04-11 13:06
三代全长转录组测序中，一个cell可以混不同的样品么？
不可以的，全长转录组测序，一个cell只能测同一个样品的同一个文库。 不同的样品混起来会造成数据产出不均匀、或某个样品产出不足。 另外，文库大小不同时，混起来测序会造成小片段文库的数据异常的多。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家...
回答于 2019-04-04 15:33
环状RNA分析中，在比对时为什么采用BWA比对方法，而不是采用Bowt...
为了检测到更多的环状RNA，采用了BWA进行比对，同时，在环状RNA鉴定时，CIRI需要利用BWA-MEM算法进行序列比对，寻找Junction Reads，然后根据支持剪切位点的GT-AG信号的Junction Reads作为识别circRNA的依据，利用动态规划算法来检测circRNA。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发...
回答于 2019-04-04 15:29
有参转录组做完之后，如何通过基因ID对应基因名称？
可以在相应的基因组下载网站下载该物种基因组的GFF文件，然后根据GFF注释信息里的基因ID对应出基因名称。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解...
回答于 2019-04-04 15:26
环状RNA测序严格的建库测序是怎么样的?
严格的环状RNA文库是先去核糖体RNA，再消化线性RNA，只保留环形RNA，然后进一步建库测序。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件...
回答于 2019-04-04 15:22
lncRNA分析结果中，和参考基因组的比对效率比较低，那么我在发文...
如果比对效率较低的话，可以从如实解释一下，说所测材料与参考基因组材料亲缘关系较远等原因导致比对效率过低。或者最保险的方法就是避开这个指标，文章上不说比对效率。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解...
回答于 2019-03-15 09:34
lncRNA分析中：CPC分析／CNCI分析／pfam蛋白结构域分析三种分析...
我们在筛选ｌｎｃＲＮＡ的时候，是取的交集，这样筛选的结果会更加准确可靠。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：...
回答于 2019-03-11 09:42
lncRNA测序，必须要有参考基因组么？
在做lncRNA测序时，严格来说必须要有参考基因组，这样预测出来的lncRNA是比较准确的，且会有一些已知的成熟lncRNA。 但是，如果在无参考的情况下非要做的话，那么假阳性会比较高，并且发现的lncRNA都是未知的。准确率就差很多。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快...
回答于 2019-03-01 11:30