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做完GWAS分析有必要做转录组测序进行关联验证么？
如果想发比较好的文章的话，最好针对某几个关联结果较好的性状，分不同的有代表性的材料、分不同的时间点或者处理进行取样，然后进行转录组测序，用以关联验证。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. ...
回答于 2019-01-11 16:28
细菌可以按照无参来做转录组么？
一般来说，原核细菌做转录组测序必须有基因组序列，如果没有的话可以先测一个基因组，然后再做转录组。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读...
回答于 2019-01-08 11:03
BSA分析中ED法和SNP-index的方法，哪个更加准确一些？
无亲本时，只能采用ＥＤ法，但是结果相对粗糙一些，定位的位点会很多，且区间较大，准确度不高 有亲本时，可以同时采用SNP-index和ED两种方法，但是以SNP-index为准。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读...
回答于 2018-12-23 17:39
在构建RIL群体时，父母本如何选择啊？例如是抗旱品种做母本，还...
一般是从育种的角度进行选择的，如果抗旱品种只有抗性性状较好，而不抗旱的其他性状较好，则选择抗旱品种做供体也就是父本，不抗的做受体也就是母本。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据...
回答于 2018-12-14 16:06
做BSA混池定位时，如果分不清抗感池怎么办？
这种情况，分析时只能付出双倍的工作量，随便设定一个是抗池，另一个是感池，分析一遍，然后反过来再分析一遍。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习...
回答于 2018-11-23 15:55
做WGCNA分析时，modules数量多少时结果较为理想？
这一点没有特定要求，我们可以通过树的分支是否清晰来评价结果的好坏。modules的数量是由样品本身的情况决定的。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习...
回答于 2018-11-15 20:38
构建网络是用所有表达基因还是差异基因？
这个是具体问题具体分析。如果使用所有的基因分析，会导致运算量非常大。而也不是所有的基因在这个实验中都有生物学意义，所以我们会根据具体情况做一些过滤或选取特定的基因来做。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族...
回答于 2018-11-12 08:51
做BSA混池定位时，亲本不纯，还有分离，可以做么？
可以做，但是需要找出做杂交组合时所使用的亲本的性状，比如：父本有分离，做杂交时选取的是绿色叶片的，那么在测序时，父本也要选取绿色的。 当然，结果可能会比较差，这个得看具体的材料、性状以及群体大小等。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：...
回答于 2018-11-02 11:46
WGCNA的样品不少于15个，15个样品考虑重复吗？
15个样本这个是包含了生物学重复，比如5个时间点3个重复。当然，样品数越多，效果越好，15个只是最低要求。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入...
回答于 2018-10-22 19:23
蛋白质组学TMT/Itraq分析中，馏分和上机时长对鉴定的蛋白数量影...
做TMT/Itraq时，同一个平台不同的上机时长和馏分对鉴定的蛋白数量有影响。 但是不同的平台要达到相同的效果的话，馏分和机时是不一样的。 比如：Orbitrap Fusion Lumos平台做7个馏分，每个馏分1个小时就能达到QEplus 18个馏分各1小时的效果。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析...
回答于 2018-10-19 09:44