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三代全长转录组适用的情况，无参还是有参？
三代全长转录组针对有参和无参都适用。 有参的可以鉴定异构体，分析可变剪切等 无参的可以做为参考，构建全长转录本。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击...
回答于 2018-08-17 10:49
目前三代全长转录组测序建几个文库？
目前三代有两种：一种是很多公司低价在推的，建一个混合文库，不区分片段大小，这样成本低，但是检测出来的短片端转录本会很多；另一种是建两个文库，1－4k、4-10k。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读...
回答于 2018-08-10 06:39
无参转录组中unigene和转录本的区别？
unigene是转录本的子集。首先通过triniy组装出来的视为转录本，然后挑选最长的一条转录本作为unigene。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解...
回答于 2018-08-08 15:40
所研究的物种没有全基因组序列，能否做蛋白质组学分析呢？
没有参考基因组的物种也可以做蛋白质组学分析，一般我们会先看其近缘物种有没有参考基因组，如果有的话，可以考虑使用。或者我们对所测样品做一个转录组测序，使用转录组构建一个简易的蛋白库作为数据库使用。如果二者都没有的话，那就不建议做了，结果会非常不准确的。
回答于 2018-08-02 17:30
做iTRAQ/TMT蛋白组学定量分析，不同老师的样本可否放在一组上机...
不同老师的样品或者同一个老师不同实验的样品，都不能放在一组上机。 原因：不同的物种的话，在搜库的时候选择的数据库不一样，无法进行搜库比较。 同一个物种的不同处理的话，那么经过不同实验室处理后，样品里的蛋白含量和数目会有较大差别，混在一起后会影响两组不同来源的样品的蛋白鉴定数目
回答于 2018-07-28 16:40
Itraq和TMT的区别？
iTRAQ和TMT是两种不同的定量技术，其实二者只是不同厂家生产的（iTRAQ是AB SCIEX研发，TMT是Thermo Fisher研发），在标记规格、标签分子结构上有些许差异，其他原理基本一样。 在可以混标的数量上，Itraq是4标和8标的，TMT是2、6、10标的。 Itraq的报告基团113-121，中间没有120，一共8个 TMT的报告基团是126-131，其中1...
回答于 2018-07-28 16:36
蛋白质组测序过程中搭桥是什么意思？
所谓搭桥就是内参。 由于itraq或tmt技术上的限制，最多标记10个样品，所以，当样品数超过10个的时候就需要设置内参，以矫正不同批次之间的批次差异。 比如：做18个样品，则可以做成两个10标的，每组9个样品加1个内参（内参是多个样品的混样），总共需要做的样品数就是9+9+1+1=20个。 当然，设置内参需要考虑的因素很多，...
回答于 2018-07-26 12:00
蛋白质组学文章中差异倍数选择相差很大，有没有一个标准？
目前公司分析大多数是按照差异倍数2倍进行分析的，但是由于差异蛋白的数目一般不会很多，所以我们要根据实际情况，对差异倍数做出合适的调整，前提是差异是真实存在的即可。在文章发表当中，没有谁规定差异倍数必须是多少。 其实在转录组测序中也没有硬性规定。 我们做分析的时候要学会灵活处理，不要墨守成规！合适的才...
回答于 2018-07-25 20:56
外泌体检测方法
在外泌体研究中，外泌体鉴定是继分离之后的又一关键步骤。分离到的“外泌体”是否有较典型的外泌体结构？是否表达特异性的外泌体表面Marker？大小是否落在外泌体常规的粒径范围？这些都是外泌体研究所需要考虑的问题。一般情况下，研究者会综合运用各种检测手段来对分离物进行最终界定，而在这些手段中，外泌体透射电镜观察以...
回答于 2018-07-16 10:36
蛋白组组学分析中：iTRAQ/TMT与Label free的优缺点
iTRAQ/TMT特点： 1. 通量高，平行比较多达10个样品； 2. 灵敏度高，重复性好； 3. 覆盖度高。 Label free特点： 1. 无需同位素标记试剂； 2. 不受样本条件的限制，但准确性受到质谱重复性等因素的影响。 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文...
回答于 2018-07-16 10:33