2023-10-25 22:08 回答问题

2023-10-12 21:50 发起提问

2023-09-22 22:31 关注了问题

2022-10-24 13:06 回答问题

     按照脚本：ID保持一致,也就是gff中第9列，ID标签和parent标签与蛋白序列和cds序列里面的ID一致；#处理GFF 文件里面ID与蛋白质中的ID保持一致 那我： 1.修改gff文件加上：“.1”  将就蛋白ID 和 CDS ID 可以吗？ 2.还是将蛋白ID的“.1”全部删除？

2022-10-22 21:04 关注了问题

2022-10-22 21:03 发起提问

2022-10-07 22:27 回答问题

        老师，您误会了。因为我的目标物种没有pfam号，所以我用已知人类的蛋白序列建立种子序列，分析结果如上所示。通过前期的文献积累，比对结果符合该基因家族的特征。        目前的主要困惑是：（1）在CD-search 里面，Incomplete出现N/C/NC端不完整的片段，是直接从XXXX.fa里面删除整条ID对应的序列还是保留分析？（2）在完成三大数据库的比对后，在hmmsearch第一次搜素结构域时，我如何利用比对结果建立物种特异hmm模型？

2022-10-07 13:39 发起提问

2022-10-05 18:08 发起提问

2022-10-05 18:06 关注了问题