21 个问题

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• 根据没有标识转录本是1还是2或3的IDlist基因号名单，在标识了转录本的蛋白质序列文件中搜索，可以把IDlist名单中的所有转录本蛋白序列搜索出来吗？可以改命令达成？这是我的命令seqkit grep -f Nramp_IDlist_final.txt arahy.Tifrunner.gnm1.ann1.CCJH.protein.faa -o Nramp_pep_final.fa 我把IDlist里面名单后面都加了转录本号才搜出来。？

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  1天前
• 文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的信息又不全，咋整啊，老师?

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  4天前
• 我鉴定的家族成员的基因ID和已经发表文献的基因ID不一样，如何让两者对应起来？下图左侧是文献中的基因ID，右侧是我鉴定出来的基因ID，数量一致。

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  4天前
• A基因家族的家族成员一共25个，但是23个成员是一个domain，只有是两个domain,这种情况，比较这个基因家族里面不同成员的蛋白全长是不是不合适？不容易得到25个成员的全蛋白进化树？

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  6天前
• 新建物种特异hmm模型，再次搜索，产生的文件round2_hmmerOut.txt中的一个基因序列（下图所示），通过了三大数据库确认。但是序列很短，这个序列不要？

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  2025-04-10 16:55
• 保留蛋白质编码基因找不到gff文件，但是我是指定了路径的，而且ll也能找到这个文件，这个文件ee查看也看不出来问题

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  2025-04-09 10:19
• 服务器超过5个线程，被killed。请问怎么使用名单规定线程？下面命令如何修改规定线程。

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  2025-03-31 18:50
• 提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，漏掉了一个序列，咋整？

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  2025-03-28 10:06
• 提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，报错，咋整？

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  2025-03-27 16:20
• Arabidopsis_thaliana.TAIR10.56.gff3.gz 课程资料发我的gff文件里面没有parent信息，影响基因家族分析吗？

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  2025-03-27 14:54