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用三代测序测全长转录组，样品准备有什么不同吗？
做全长转录组对RNA的要求略高些，但是只要提取的时候注意还是容易满足条件的，具体要求如下： (1) 样品类型：总 RNA；(2) 样品浓度： ≥50 ng/ul；(3) 样品总量： >5ug（单次）； 总量>10 ug；(4) 样品纯度： OD260/280≥1.8， OD260/230≥1.0， 260nm 处有正常峰值；(5) RNA 完整性： 总 RNA 的 RIN 值≥8.0， 28S/18S≥...
回答于 2019-04-05 23:03
DNA测序的样品在寄送的时候要注意什么？
（1） 基因组 DNA 样品送样前，最好是跑个琼脂糖电泳，看看完整性是否正常，并用分光光度计看下吸光值，检测是否有杂质污染。 （2）所送样品最好是有保留备份，DNA 样品置于 1.5 ml 无菌离心管中，管上注明样品名称、制备时间，管口使用 Parafilm 封口。 （3） 如果是直接送植物组织样品，请尽量选用幼嫩新鲜的，取样后用...
回答于 2019-04-05 22:58
如何查找测序结果里自己想要的文件？
推荐一个可以在几秒内完成全局搜索文件的软件“everything” 如果想找表达量文件可搜索“expression”或者“fpkm”，找箱线图搜索“box”，找注释信息搜索“annotation”，找两组样品间比较搜索“VS”，找CDS序列搜索“CDS”，总之只要输入一个对应的英文关键词即可。 具体详情可以参见这篇文章：https://mp.weixin.qq.com/s/PX_EnPn8...
回答于 2019-03-22 16:47
现在做基因组denovo还能发个啥水平的文章？
发基因组文章，以下几条总得占一条才行： 1. 该物种基因组难度较大，比如基因组本身大，5g以上，或者杂合度高1%以上，倍型复杂八倍体等； 2. 研究物种具有重要的经济价值，如果重要粮食作物，经济作物； 3. 研究物种具有一些极其特殊的生物学特性，如壁虎，蝙蝠，海豚，长颈鹿等； 4. 综合本属或者本科内其他已经发表的...
回答于 2019-03-15 17:31
基因家族今年还好发文章吗？
18年上半年之前确实一个物种的一个基因家族纯分析下来差不多能发个3分左右的文章。但18年下半年后，明显感觉，一个物种的一个家族纯分析直接发的难度增加。 一般起码要加上家族内基因的表达量分析，然后再加些相关的理化实验。 或者分析多个物种的同一个家族，做些遗传进化方面的分析，这种情况下也是可以不用加实验的。...
回答于 2019-03-15 17:26
做基因组测序是二代、三代、Hic、光学图谱的作用分别是什么？
随着技术的发展，可以用来提高基因组组装效果的手段也越来越多了。 目前的主流是测80-100×的三代作为基因组组装的主要数据来源，三代测序的读长远超二代，可以降低组装难度，跨过部分GC异常区域，大大提升组装质量，随着三代测序价格的快速下跌，已成为做基因组的首选技术。 Hic是研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间...
回答于 2019-03-01 09:28
DNA甲基化测序为什么比重测序贵那么多？
你好，DNA甲基化测序和重测序虽然都是拿DNA进行实验的，但是其实验过程还是有不小区别的。 在建库方面，做甲基化时需要先对DNA进行重亚硫酸盐处理将未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基变成尿嘧啶，建库成本比重测序要高；在测序的时候，由于甲基化属于非均匀文库，有效数据产出量低，如果想测10G，一般来说测序公司得按20G乃至更...
回答于 2019-02-23 13:10
请问DNA甲基化测序和MeDIP-Seq是什么关系？
DNA 甲基化是基因表观修饰方式之一，在真核生物中甲基化一般仅发生于胞嘧啶，通过测序技术可以检测到发生甲基化的位点。 MeDIP是一种采用抗体或甲基化DNA结合蛋白来捕获富集甲基化DNA的技术，可以发现基因组中高度甲基化的区域，如CpG岛，但不能进行单个碱基水平的分析。 也就是说MeDIP是实现DNA水平甲基化检测实验的一部...
回答于 2019-02-23 13:00
如果研究的基因家族没有已知的结构域domain怎么办？
这种情况不罕见，也是可以分析的，可以先通过文献或者NCBI等数据库下载其他物种的CDPK基因序列，利用这些已知序列信息，生成该基因家族的结构域，然后利用该结构域在你自己研究物种的蛋白序列里进行鉴定，当然后面还得通过CDD等软件对鉴定出来的序列进行检验核对。 如需系统学习基因家族的分析，请观看如下课程： 点我学...
回答于 2019-01-23 18:09
请问转录组差异分析里的log2FC是怎么算出来的？
想得到精确的值是没法自己手动算的，正常是用软件算出来的，需要考虑的因素很多 不过可以自己估算下，分别将组1、组2里3个样品的FPKM值求平均值，然后相除就得到FC值了，然后取log2的对数就行了 如果没有生物学重复，则直接将两个样品的FPKM值相除再取对数即可 但这个算法仅供参考，大概看一下，不是准确值，要以软件算...
回答于 2019-01-04 20:22