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raw data和clean data有什么区别？
一般来说，测序仪下机的数据称为raw data，经过以下两步处理之后变成了clean data才能用于数据分析： (1) 去除含有接头的Reads； (2) 去除低质量的Reads（包括去除N的比例大于10%的Reads；去除质量值Q≤10的碱基数占整条Read的50%以上的Reads） 不过raw data和clean data并没有一个权威的定义，不同的文章和公司可能会提...
回答于 2018-12-29 15:39
转录组数据怎么看测序深度？
你好！ 测序深度一般是用于重测序的概念，如果基因组是1G，测了10G的重测序，那就可以说测序深度有10×。 但是转录组不一样： 1. 首先转录组测到的是编码区，而编码区在整个基因组上的占比是很低的，一般来说2-10%，所以转录组测了6G不能认为深度就是6G； 2. 其次不同基因被测到的深度也是不同，这跟表达量有关； 3. 如...
回答于 2018-12-21 18:10
怎么找某个基因家族的结构域文件
你说的应该是WRKY基因家族的隐马尔可夫模型吧？一般储存在pfam数据库里，你可以去pfam的官网（http://pfam.xfam.org/），然后在keyword search这里进行检索
回答于 2018-12-15 14:38
往测序公司送样品时，需要注意什么？
你好！ 1）务必要在样品管子上写清晰编号（编号最好不要有汉字、特殊字符等，建议采用字母加数字的组合），推荐用mark笔同时写到管壁和管盖子上，如果有标签纸最好也贴上； 2）如果要暂时在学校里存放一段时间的话，请保持低温，最起码在-40度冰箱里，温度越低的冰箱保存时间越长； 3）运送请务必使用顺丰（目前国内除...
回答于 2018-12-15 14:21
普通的笔记本电脑能够用来做生信分析吗？
那得看你具体做什么分析了。 一般来说如果是在测序公司做的转录组，公司会给你提交标准分析内容，这个里就已经包含了很多的分析内容了。如果你在此基础上做些个性化分析，比如数据的筛选、做进化树、聚类热图这类，普通的家用电脑是可以的。 如果你想直接对转录组的原始数据进行操作，尤其是进行无参物种转录组数据的组装...
回答于 2018-12-01 15:44
病毒鉴定需要选数据库吗？
一般病毒鉴定采用的数据库是VirusDetect，里面根据病毒来源的又分为很多子库，不同子库之间的大小差距很大，如下图所示： 有脊椎动物的子库和真菌的子库就差了几百倍，需要根据自己的情况来选择对应的子库，如果都选的话，鉴定的速度会慢很多。
回答于 2018-11-23 17:56
关于BSA取样的问题
你好！ 1. 对于整个子代群体，一般来说取每一侧极端性状5%的个体，群体总数不足时可以放宽到10%，该条件优先于每个混池的个体数量； 2. 在满足第一条的情况下，混池个体越多越好，如不满足极端性状的要求，多取的样品只会产生干扰，取了也是白取。 所以建议您还是以优先保证取的样品确实是极端的为佳。
回答于 2018-11-16 17:50
测序公司给我的结题报告和结果文件里面分别是什么呢？
一般来说转录组的分析结果分两部分，一部分是结题报告，一部分是结果文件。 结题报告是对整体结果的一个概述，对于一些统计性的结果进行了展示，并描述了实验和分析环节所采用的方法，但是并没有储存所有的分析结果。 所有的结果细节都储存在了结果文件里。 两者的位置和区别如下（下图例子为无参物种结果，有参物种可能...
回答于 2018-11-08 18:38
我研究的这个物种能做基因家族分析吗？
你好！现在大部分基因家族文章里提供的分析内容总结如下： 1. 鉴定基因家族成员； 2. 预测基因家族成员的顺势作用元件（转录因子基因家族）； 3. 构建系统进化发育树； 4. 搜索基因家族成员蛋白保守结构域及MOTIF； 5. 绘制基因的染色体位置图； 6. 绘制转录本结构图； 7. 筛选串联重复基因，计算串联重复基因的KAKS...
回答于 2018-11-02 16:13
按照虚拟机时，如何开启Virtual technology功能？
这种情况是需要在BIOS里开启电脑对VT的支持，重启电脑，然后不停的按F2（不同品牌电脑进入方式可能不一样，需要根据电脑品牌百度）进入BIOS，然后在configuration里将 intel virtual technology 选项设置为 ENABLED即可，如下图所示： 如果电脑是AMD处理器的，则其虚拟技术名字叫 SVM，如下图所示，开启该功能即可
回答于 2018-10-27 07:09