10 个回答
老师好，我在做群里遗传进化算pca时，得到的文件都是0。
回答于 2024-06-24 15:17
我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件...
报错是这样的：WARN GenomicsDBImport - GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization.
回答于 2024-03-21 09:41
在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继...
以下是我的命令：/public/software/singularity/bin/singularity exec /public/home/perl5/gwas-sif/reseq.sif \ bash -c "gatk --java-options "-Xmx20g" GenomicsDBImport \ -L chr.list --tmp-dir $tmpdir -R $REF --batch-size 5 \ --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ --g...
回答于 2024-02-19 16:40
使用了pop-evol-gwas2.0,还是报错，但是我安装的时候这个2.0特别...
老师，我在集群上重新下载了pop-evol-gwas.sh, 重新在课上的公众号下载了脚本，然后再运行GAPIT关联分析，但是还是有问题。Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 did not have 3 elements Calls: read.table -> scan In addition: Warning messages: 1: In r...
回答于 2024-01-24 15:45
在用EMMAX做关联分析时，#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship...
root@77146ac2bf18 21:42:19 /work/my_gwas/09.gwas_emmax]# emmax-kin-intel64 -v -d 10 -o ./pop.kinship.BN snp_var Reading TFAM file snp_var.tfam .... Memory allocated, nrows = 258, nheadercols = 6, nvaluecols = 0 Freeing cmat Freeing cheaders Memory freed Identified 258 individuals from TFAM...
回答于 2024-01-18 22:28
在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错
/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt我找到了这个路径，发现没有这个文件，包括emma.txt，FarmCPU_functions.txt都没有
回答于 2024-01-18 17:31
我使用的服务器，由于文件很多，在使用FOR循环的时候一直出错，...
回答于 2023-12-22 16:55
建立索引时报错，有很多关于mRNA的错误输出文件为部分为0KB
我在网上查了方法，把gff文件的mrna行删除，现在又出现了新的问题： 14:31:45.646 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/share/work/biosoft/picard/picard-3.0.0/picard.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so [Sat Dec 16 14:31:45 CST 2023] CreateSequenceDictionar...
回答于 2023-12-16 14:52
代码不适用
VCFtools - UNKNOWN (C) Adam Auton and Anthony Marcketta 2009 Parameters as interpreted: --gzvcf LP.vcf --recode-INFO-all --maf 0.05 --max-alleles 2 --maxDP 1e+03 --min-alleles 2 --minDP 2 --minGQ 0 --minQ 30 --max-missing 0.8 --recode --remove-indels --stdout Using zlib version:...
回答于 2023-12-07 21:47