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求助：叶绿体基因组测序深度覆盖图的画法以及相关脚本。
在叶绿体课程中的《组装质量判定》这节课中有详细说明。 主要是将叶绿体序列与原始fq数据进行比对，得到bam文件，之后再用samtools depth功能得到每个位点的深度，用excel或者R语言作图即可。
回答于 2024-03-01 10:19
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老师您好，我在做变异结果质控，过滤二vcftils.p1代码输入无误但...
vcfutils.pl 在docker镜像中，启动docker容器进入reseq的镜像再运行命令就可以了。你的目录结构和课程中不太一致，可以重新看看怎么启动docker容器
回答于 2023-10-27 13:54
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重测序分析，bam去重复，建立索引后，call SNP之前的步骤
如果比对率以及Q20 Q30等指标都比较好，一般是直接拿比对后的bam文件去call snp，call完变异之后也会过滤掉一些低质量的变异位点。如果想用其他教程的方法也可以自行尝试。
回答于 2023-10-27 13:50
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从NCBI上下载的序列在进行序列多态性分析和构建系统发育时，是否...
做系统发育树时，会提取共有基因序列进行建树，一般来说下载的序列可以直接使用。关于appllo人工校正，后续录播课视频会更新。
回答于 2023-08-15 15:52
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如何运行gepard软件，叶绿体基因组课程里给的gepard安装包没有ex...
课前给的百度网盘链接里，software目录下，1.组装下的Gepard-1.40.jar，没有安装包，直接打开就能使用。
回答于 2023-08-14 09:09
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想问一下，边界分析做出的图，和它描述的序列特征表中的各个区的...
如果你是指课上讲的和文章不一致：是因为这篇文章的作者使用别人的数据时，重新进行了注释或者进行了修改校正，而我们自己从NCBI下载到的还是别人提交的原始数据，所以有些数据和文章中不一致，仅供展示学习操作使用。如果自己做分析时不确定别人的数据是否准确也可以自己重新注释或修改。 如果你是指他自己的文...
回答于 2023-08-11 15:46