2天前 回答问题

对的,其实需要的文件没几个,你看看后续如果没用到,那就可以删掉的

3天前 回答问题

KofamKOALA和付费购买整个数据库,对于pathway部分没啥区别eggnog侧重于进化关系来推功能,一般宏基因用这个结果会好一点,坏处是他的数据库老一点KofamKOALA用的hmm,特异性高,更严格 保守代谢途径基本差不多,物种特异的功能eggnog结果多一点,收费的一般用不上,对富集基本没影响

4天前 回答问题

当然可以,你这样是更有效率的

6天前 回答问题

可以删除,这些是中间文件,储存序列的比对信息的

2025-02-19 16:39 回答问题

这个一般来说不用,你分两次处理那差异更大,后面更没有可比性了,如果是完全不相干的那直接分开做就行

2025-02-19 13:18 回答问题

hmmscan多线程效率很低,可以调低一点线程数反而会快一点

2025-02-10 14:40 回答问题

单独的教程没有,但是逻辑不复杂,以kegg为例,主要难点在于碳氮磷硫功能相关通路的不一定找的全,比如碳代谢应该有很多相关的,比如Carbohydrate metabolism应该基本相关的,但是比如Energy metabolism里的Carbon fixation by Calvin cycle和Methane metabolism 应该也是,可能要自己筛选一下,而且需要统一,比如Carbohydrate metabolism是第二层级,有点宽泛,你可能需要把他包含的第三层级的通路名字拿出来筛选, 找完

2025-01-08 09:27 回答问题

我们有提供一个示例文件,你把那个文件拷贝到excel里,然后把分组和样本名修改成自己的,其余的不用变需要修改的只有第一列和第四列,其他的是占位的

2025-01-02 15:47 回答问题

binning以后drep去冗余得到的那一堆bin,fa,就可以理解成一个个的单菌基因集,之后每一个都可以做单菌分析了

2025-01-02 12:08 回答问题

https://gtdb.ecogenomic.org/这个网站下载最新的数据库,软件只需要执行下面的代码, python-mpipinstallgtdbtk--upgrade