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想请教一下 cds.TEM 数据 ，然后也得到了cds里的名和KO0001表对...
用data.table包的fread,读的很快,一百万行大概几秒就行如果数据再大,上亿行,就逐行读取吧
回答于 8小时前
组装后的cds.fa文件进行Kegg注释
KofamKOALA和付费购买整个数据库,对于pathway部分没啥区别eggnog侧重于进化关系来推功能,一般宏基因用这个结果会好一点,坏处是他的数据库老一点KofamKOALA用的hmm,特异性高,更严格 保守代谢途径基本差不多,物种特异的功能eggnog结果多一点,收费的一般用不上,对富集基本没影响
回答于 4天前
请问可以同时运行2个terminal吗，在内存和存储还有cpu都有剩余很...
当然可以,你这样是更有效率的,我这里用的是循环,所以资源占得少,后面应该会讲到并行,如果是并行运行的,资源会占得非常多,那就不建议这样操作了
回答于 5天前
想咨询一下，我有1批宏基因组数据，可不可以样本对半，分成2次进...
这个一般来说不用,你分两次处理那差异更大,后面更没有可比性了,单样本处理本来就不太关心大家的关联性的 如果是完全不相干的那直接分开做就行
回答于 2025-02-19 16:39
请问我想注释出碳氮磷硫功能基因及丰度，有什么教程吗
单独的教程没有,但是逻辑不复杂,以kegg为例,主要难点在于碳氮磷硫功能相关通路的不一定找的全,比如碳代谢应该有很多相关的,比如Carbohydrate metabolism应该基本相关的,但是比如Energy metabolism里的Carbon fixation by Calvin cycle和Methane metabolism 应该也是,可能要自己筛选一下,而且需要统一,比如Carbohydrate meta...
回答于 2025-02-10 14:40
宏基因组分析，用来分组的metadata格式具体是什么？
我们有提供一个示例文件,你把那个文件拷贝到excel里,然后把分组和样本名修改成自己的,其余的不用变需要修改的只有第一列和第四列,其他的是占位的
回答于 2025-01-08 09:27
binning 想做功能注释，但还是不知道该用哪些文件进行基因预测和...
binning以后drep去冗余得到的那一堆bin,fa,就可以理解成一个个的单菌基因集,之后每一个都可以做单菌分析了
回答于 2025-01-02 15:47