xun 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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宏基因组分析老师上课的内容。

env.sh没有执行

回答于 1天前

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对的,是类似的

回答于 2天前

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里面有东西,但是是软连接这里看不见,没事你不用管,你回到上一级,有个shell那个目录,里面有每一步的sh文件

回答于 3天前

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一般不转化,kw本来就对数据的分布要求较低

回答于 3天前

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15大概率是触发oom了, 就是内存不够,按理说不至于,你的服务器的内存是多少?

回答于 2025-04-07 10:45

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对于复杂环境来说不算太差,一些微生物可能没有出现在微生物的库里,再加上有的dna年代久远,破损比较严重,因为物种注释一般是关注属级别以上的,所以还行然后可以看看数据库的版本,kraken 的更新比较快,要是更新了2,3个版本了,可以尝试下载最新的做一下看看现在最新的好像是24年底的

回答于 2025-04-02 17:49

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kw本来就是非参数检验,不需要,但是可以做lefse不建议

回答于 2025-04-01 17:10

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这几个软件前面不要加python,直接写名字就行,这个是qiime软件自带的函数

回答于 2025-03-26 12:03

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你的group.txt这个文件没有表头,前面的代码都执行了吗,你看一下他最上面的一行是不是#开头的,如果不是这个问题,那就是metadata的写法不对,需要和课程里提供的格式完全一样

回答于 2025-03-24 13:21

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你的上一步,bowtie应该报错了,你看看这个文件,$workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.bowtie.map.log里面咋说的,是不是你的宿主文件写的不对?

回答于 2025-03-14 14:50