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请问，我弄了一个256线程，1t内存的服务器，想处理500G的宏基因...
这个配置足够高了,不过速度这个和数据复杂度也有关,复杂度高的可能要一周吧,不如土壤啥的 低的2天就够了
回答于 2025-01-02 11:53
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想咨询一下，可否有contig的NR库的物种和功能注释代码和教程？
我们的代码里有借助kraken对contig进行注释的代码,想要用nr库的话,就下一个nr库,然后直接用diamond比对contig文件和nr库就可以
回答于 2025-01-02 11:51
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想咨询一下，宏基因组功能注释的视频中，有一步是用cds.fa文件注...
是的,物种注释一般用reads直接比对的丰度估计精准,contig的物种注释的更精准,两种都有用的,现在后者用的多一点
回答于 2025-01-02 11:49
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binning功能注释
mags是基因组,不能直接注释,需要先先预测一下,就用之前的基因预测的软件,换一下输入文件就行,预测出来的基因和蛋白文件都可在官网注释,当然也可以用eggnog,把输入文件换一下就行
回答于 2024-12-25 11:00
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不知道为什么，产生不了unmap文件
你都自己回答了,你看看有没有unmap那个目录,如果没有的话说明后面抽出未组装进行混合组装的那一步没做重新做一下就行,之前的去宿主是不是已经解决了
回答于 2024-12-23 09:57
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宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混...
不需要,到时候直接用salmon比对完以后直接就能获得丰度表如果确定想要知道的话也可以比对(一般来说没必要)
回答于 2024-12-17 17:48
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已经windows系统里下载了docker 也打开了，但还是运行不了. doc....
是运行这个文件里面的内容,docker run 那一段,但是需要修改文件路径 就这个,然后-v是挂载,把你的数据挂进去容器,不懂的话可以看下视频,最后一个参数是镜像,可以问群里的管理老师要一下
回答于 2024-12-17 15:22
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为啥这个. doc.sh后，显示不是内部或外部命令，也不是可运行的程...
这个最前面的点是source的别名,是shell里的命令,你需要换一个linux系统的计算机,
回答于 2024-12-17 14:04