基因家族分析疑问 - 组学大讲堂问答社区

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老师您好！我在使用HMMER鉴定到一批基因后，发现有些基因名称不一样，但序列几乎完全一样，有时也仅仅是个别两个氨基酸差异。然后我把这些基因名称拿到gff3中查找，发现基因的位置信息基本是一样的，如下两行是两个名称不同但序列相同的基因的注释信息：

4	ena	mRNA	43882662	43889224	.	-	.	ID=transcript:PNT65252;Parent=gene:BRADI_4g39317v3;biotype=protein_coding;transcript_id=PNT65252
4	ena	mRNA	43882736	43888789	.	-	.	ID=transcript:KQJ91713;Parent=gene:BRADI_4g39317v3;biotype=protein_coding;transcript_id=KQJ91713

请问这是怎么回事，我要怎样处理这些基因？？？？

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2019-03-14 21:50

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

一个基因有不同的转录本，相同基因不同转录本之间很相似，我推测你这些相似的基因，是来自同一个基因的不同转录本。再有，学习一下gff文件的格式是如何记录基因的信息：https://www.omicsclass.com/article/306