下面使用isoseq3 最新更新的版本的命令:第一步到第三步都整成输出,但是做第四步时,一直运行,且得不到结果,本地日志文件也没有报错信息,cluster.log没有信息。
1.ccs m062922.subreads.bam movie.ccs.bam --noPolish --minPasses 1 -j 24
2.lima movie.ccs.bam primers.fasta movie.fl.bam --isoseq --no-pbi -j 24
3.isoseq3 refine movie.fl.primer_5p--primer_3p.bam primers.fasta movie.flnc.bam
4.isoseq3 cluster movie.flnc.bam unpolished.bam --verbose -j 24 --verbose --num-threads 24 --log-file cluster.log
本地的日志文件是:
Read BAM : (398156) 11s 226ms
Convert to reads : 2s 248ms
Sort Reads : 110ms 126us
Aligning Linear : (1000) 138us 339ns (998) 270ms 310us (396156) 309ms 728us