如何用hmmer软件中的hmmbuild程序构建MAPK的隐马尔科夫模型（HMM）

因为未在相应的pfam等网站中找到关于MAPK的HMM文件，并在读文献过程中了解到可以根据序列比对构建新的隐马尔科夫模型，但不知道具体方法如何操作？

在相应的课程中无此步骤，所以在此求解？

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2 个回答

Daitoue 2019-04-01 10:19

具体的可以按照文献说明的 method 进行操作，一般可能是通过文献或者相关网站下载其他物种的MAPK 序列，基于这些序列构建HMM 或者通过这些序列在目的物种内进行blast 获取同源序列再进行HMM构建。

个人觉得你可以多看一些相关的文献，按照文献的方法对这种情况进行处理。

omicsgene - 生物信息 2019-04-01 10:26

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

基因家族课程里面有这部分课程：学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读