老师您好，我现在在分析三代测序基因组的某基因家族，但是转录组数据是以二代测序的基因组为参考基因组，无法直接利用。我通过Blast发现，三代测序基因组的多个基因比对到二代中的同一个基因ID,都和它的相似性特别高，这应该怎么办，这样的转录组数据怎么利用？然后双向blast发现，只有一半的基因能双向比对上，这种情况应该怎么处理？
你用同一套参考基因组就行，不要用两个基因组。
转录表达用二代数据做表达量就好了；
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