venn图或者叫韦恩图、维恩图,是转录组结果中的重要展示部分,能够找出各比较组之间共有和特有的基因,是最常用的转录组分析手段之一。但往往测序公司只给了几个固定组合的venn图,后期让公司补图,要加钱不说,两天给一副图的速度更是要命。
下面给大家讲一个在Windows下就能操作的,十分便捷的venn绘制方法:
一、输入数据准备:
首先要准备的是各比较组(比如CK1比上Treat1)的差异基因列表,一般公司做完的标准分析结果里已经包含这部分内容了,通常在“DEG_Analysis”文件夹里,我们需要的信息也不多,有差异基因的ID那一列即可,如下图第一列:
将各个比较组的差异基因ID整理到一个表里即可,对应关系要记好:
二、在作图网站填入数据:
打开网站:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
在输入部分黏贴刚刚准备好的数据:
这时你会发现在页面右侧,venn图已经做好了,我们再做些简单的调整就可以了:
当然我们也可以获得任一组合的共有基因列表:
ok,一张venn图就做好了,掌握之后,便可在几分钟之内做任意组合的venn图而不用求助于公司了!
其实转录组的很多后续分析,都不难,完全不必求助公司,你需要的仅仅是高手领进门。
如果需要看懂公司提供的转录组分析结果,建议观看教程:转录组分析结果的解读(适合有参)或者转录组分析结果的解读(适合无参),如果想自己在公司提供标准分析的基础上做些个性化分析,可以观看:转录组标准分析后的数据挖掘,以及转录组高级分析WGCNA:WGCNA-加权基因共表达网络分析。