我的基因家族没有pfa号，我用种子序列建立然后进行blast，然而得到结果是m8格式，不是hmmsearch搜索的结果，所以我没法用课程中提供的script/domain_xulie.pl提取保守结构域序列，请问有其他的方法或者脚本吗？谢谢

下面是利用hmmsearch搜索的结果文件进行提取保守结构域序列

#截取得到序列上的保守结构域序列，注意脚本提取的是第一个domain，如要提取其他domain，请修改脚本27行$a[9]==1为第一个，$a[9]==2为第二个，依次类推

perl script/domain_xulie.pl  WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt  Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa  WRKY_domain_confirmed.fa 0.1