老师：
您好！我先筛选fpkm小于0.5的基因（共53614，筛选后31361个基因），去做共表达网络，得到两个相关性较高的模块，模块1（基因数量20932 相关系数0.91，p值0.002），模块2（基因数量539 相关系数-0.89，p值0.003）.。
1、相关性高的模块基因数量占了三分之二，这个合理么？是不是低丰度的基因多，所以都关联到一起了？需要修改阈值吗？
2、我看到文献里，大部分中文文献表达阈值都是选5，个别外文文献阈值0.05，这个阈值怎么确定呀？我的阈值是不是设置的有点低，应该设置1还是5？
望指教，谢谢！
进行基因的筛选，一般可以过滤低表达的方式，还有一种是筛选出变异大的数据（一般可以用方差等方法）
前者你可以根据需要进行筛选，没有明确的说法是限制多少。如果参与分析的基因过多，设高一点，少就低一点，鉴于你的基因数量确实挺大的，你可以设大一点
后者一般按照变化程度进行排序，选择前10000/20000或者前50%/75%等等，并可以要求每个方差大于多少之类的。方差、中位偏差值等等可以衡量变异程度的计算方法都可以。
以上，你只要找到一个合理的高分文献引用一下就可以了，没有审稿人怼你~~~
