TopHat比对时，默认为2个mismatch，即：reads和reference在2mismatch之内，就算mapping到了。当mappingrate较低时主要可能有2个原因：（1）由于reference组装不好，或者所测物种与reference的亲缘关系较远；（2）由于样品的特殊前处理或者相对于参考基因组此样品本身的变异太大，导致mapping rate相对较低。
