先说下结论吧，建议按无参转录组去做，因为50%的回比率实在是太低了，一般来说起码也得达到60%-65%。按有参去做会浪费很多的数据，而且会有很多基因不会被检测到。下面是我们之前写的一个关于转录组分析模式的选择建议，希望对你有所帮助。

同样是用NGS方法做转录组，根据测序物种和实验目的的不同，在分析模式上会有差别，因此了解不同分析模式及其适用范围对于选择适合自己实验的分析方法有重要的意义。

三种转录组分析模式

基于研究物种是否有参考基因组，实验目的上是否需要分析新的转录本，转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型，如下图： 

一、有参，需要分析新转录本

部分有参考基因组的物种，由于注释信息不够完善，或需要分析一些非编码RNA，这时需要基于Reads与基因组比对信息对转录组进行组装，以期获得新的转录本来让分析结果更加完备。

这也是有参物种做转录组最常用的分析模式，其分析步骤如下：

1. Reads与基因组比对  

2. 基于比对信息组装转录本  

3. 基因或转录本表达定量  

4. 差异分析和功能富集分析  

二、有参，只分析已知转录本

针对参考基因组注释信息较为详细的物种，比如人，小鼠，拟南芥等模式生物，同时您的实验目的很明确，就是分析已知的基因或转录本，那就可以直接基于基因组注释信息中提取出的转录本序列来进行后续分析。该分析模式分析流程简单、速度快，其具体分析步骤如下：

1. Reads与转录本序列进行比对  

2. 转录本表达定量  

3. 差异分析和功能富集分析  

三、无参考基因组的转录组

而对于没有参考基因组的物种，或者基因组组装不好的物种，必须先使用测序数据组装一套转录本，再基于转录本进行后续分析。其分析步骤如下：

1. Reads De novo组装转录本序列  

2. Reads 回比组装好的转录本序列  

3. 转录本表达定量  

4. 差异表达分析和功能分析