5 水稻中进行MCScanX共线性分析基因家族加倍时,提取不了基因对应的蛋白质序列

在课时14. MCScanX共线性分析基因家族加倍过程实操课中,已获得AT.gff文件,用它利用get_fa_by_id.pl来提取对应的蛋白质序列,发现提取不了,然后发现Oryza_sativa.IRGSP-1.0.pep.all.fa与拟南芥的数据库文件形式不同,没有对应的蛋白质ID,该如何解决?

拟南芥AT.gff

attachments-2019-04-eGnj5MuF5cbe9c59d1a14.jpg 拟南芥.pep.all.fa

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水稻AT.gffattachments-2019-04-Hg997ydd5cbe9c893da1d.jpg

水稻.pep.all.fa

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

仔细看视频,这里提取基因对应的一个转录本不是用的这个脚本:get_fa_by_id.pl

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