“差异基因kegg注释图”是转录组分析结果的重要组成部分，能够帮助大家了解差异基因分属于哪些代谢通路，文章中如果能够插入下面这类图来说明样品间的差异，一定会为你的文章增色不少。
下面给大家介绍一下如何在Windows下对差异基因进行kegg注释。
一、输入数据准备：
首先要准备的是各比较组（比如CK1比上Treat1）的差异基因列表，一般公司做完的标准分析结果里已经包含这部分内容了，通常在“DEG_Analysis”文件夹里，我们用到的信息是“基因ID”和“regulated”（up代表上调，down代表下调）两列，如下图所示的第一列和最后一列：
接下来需要添加一列，将“regulated”里的“up”标记成“red”，“down”标记成“green”，这样后面做出来的kegg注释图里上调基因就会显示为红色，下调基因显示为绿色。具体方法是在第三列插入一个“if”函数，当第二列值为“up”时输出“red”，否则输出“green”，参数设置详见下图：
这样C2单元格就会显示为“red”，双击该单元格右下角，这样C列就都按上面的规则填充好了，如下图所示：
二、在作图网站填入数据：
打开网站：https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
按照下方设置好参数，并将第一步准备好的Excel表里的第一和第三列数据粘贴进去（注意：Excel表的第一行和第二列都不用粘贴），点击左下角的“exec”按钮开始运算。根据您提交的基因数量，等待一小段时间结果就出来了：
注释到的代谢通路结果，按数量排序：
点击其中的代谢通路链接，就能够看出该代谢通路中哪些基因上调、哪些基因下调了。
好的，这样差异基因的kegg注释就完成了。
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