5 tophat2建立索引报错:Error: gtf_to_fasta returned an error.

tophat建立索引的时候出现报错;


"/share/work/biosoft/tophat/tophat-2.1.1/bin/tophat2" -G Sspon.v20180123.gtf --transcriptome-index=transcriptome_data/known Sspon.HiC_chr_asm
[2019-04-28 05:49:42] Building transcriptome files with TopHat v2.1.1
-----------------------------------------------
[2019-04-28 05:49:42] Checking for Bowtie
                  Bowtie version:        2.2.7.0
[2019-04-28 05:49:44] Checking for Bowtie index files (genome)..
        Found both Bowtie1 and Bowtie2 indexes.
[2019-04-28 05:49:44] Checking for reference FASTA file
[2019-04-28 05:49:44] Building transcriptome data files transcriptome_data/known
        [FAILED]
 Error: gtf_to_fasta returned an error.


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这是由于你的gtf和参考基因组里面的染色体编号不匹配;检查是否下载错误的gtf

比如有的注释有问题,gff里面基因在染色体上的位置,比染色体都长等等,导致fasta序列提取错误。

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  • 提出于 2019-04-27 22:09

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