关于mapman使用过程的一些问题

1、通过kegg得到一些想深入研究的pathway,如植物激素信号转到途径、谷胱甘肽代谢途径,类黄酮生物合成途径等,但是在mapman软件中的pathway中没有该如何?

2、在添加自己的数据时,所有样本差异基因表达量作为一个文件上传,还是每个样本差异基因表达量单独上传?如果添加的是比较组,是比较组所有基因id?还是比较组注释上的id?或比较组差异基因id?

3、在准备非模式之物的mapping文件时,上传的可是下面这个文件?但在mapman网址注释工具提交后没有反应?

attachments-2019-04-91O6XOu85cc50d373e159.jpg

4、能否解释下下面图中某个基因旁那些点的含义?attachments-2019-04-8sTWBWm25cc50dafd3f14.jpg

谢谢!

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1 个回答

Daitoue

1、mapman现有的通路如果没有的话就是没有了,除非自己自主构建通路(配套的图片、xml,mapping)

2、添加数据可以是汇总数据文件也可以是单数据文件。至于你要添加的ID,看你想在通路上显示的是哪些基因决定。注意:显示的时候点状热图显示的仅是文件中的一列数据,或者折线图多列数据。

3、没有反应:确定是没有报错的反应,仅是网页后台注释没有问题,如是错误,网页会提示。

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