我的转录组数据与参考基因组比对后发现基因间区及内含子比例较高，是怎么回事？

我的转录组数据分析发现基因间区及内含子比例超过了30%，是不是很高，一般是多少？是什么原因造成这两类比例高？

首先要看你是什么物种，基因注释是否完整。排除了这种情况后我认为是正常的，我在做玉米的时候，也发现好多序列比到了间区与内含子区域，应该可以用这些区域其实在转录组中是表达了的，但是并未被注释出来所解释。同时建议你使用基因序列作为参考文件进行比对看看情况！

小刘哥

采纳率 100% | 回答于 2018-08-05 17:22

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其它 1 个回答

红橙子 2018-08-06 10:06

一般造成内含子及间区比例高有以下2个方面原因：1.基因组注释较差，大部分是这个原因，尤其非模式物种，刚测序物种等，2.有DNA污染，可结合RNA检测结果识别，一般较少出现。