5 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

你好。关于这篇文章https://www.jianshu.com/p/0e48facb3786,我试着用自己的数据去跑这个流程,前面都很顺利,就是在比较男女之间基因表达差异那里出了错误,因为我的数据是从小米的根,茎,叶三个不同组织里得到的,所以我想比较这三个不同组织的基因表达差异情况,但是R代码我不是很懂,我在套用你的代码“比较男女基因表达差异”这一段results_transcripts = stattest(bg_chrX_filt, feature="transcript",covariate="sex",adjustvars = c("population"), getFC=TRUE, meas="FPKM")的时候做了修改,我自己比较根茎叶三个组织的表达差异代码results_transcripts = stattest(bg_chrX_filt, feature="transcript",covariate="orgnization", getFC=TRUE, meas="FPKM"),结果显示错误:In stattest(bg_chrX_filt, feature = "transcript", covariate = "orgnization", :

fold changes only available for 2-group comparisons。我想请问一下我该如何修改这段R代码才能正确比较根茎叶三个组织的基因差异表达呢?这文章有点长,非常谢谢

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

fold changes only available for 2-group comparisons


只能两两比较,你可能输入的分组信息有三组,你检查一下;bg_chrX_filt这个数据里面分组列orgnization里面是不是两个水平;


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