一般来说，对于数量性状，应当取极端性状5%-10%的样品作为混池样品；对于质量性状，取尽量多的隐性性状个体和等数量的显性性状个体即可。

如果群体规模实在比较小，那每个混池的样品数量也不应该低于30，再低的话假阳性的概率会大增。

测序时，深度应该保证混池中每个样品起码被测到1×，例如50+50的混池，那么每个混池的测序深度应该保证在50×以上。而两个亲本的深度，建议在20-30 ×之间。